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這是很多人疑惑的一個地方，畢竟參考文獻太容易重復了。 答案是： 知網查重對象不包括參考文獻，但你也不需要將參考文獻從論文中刪除。 以知網查重來說，可以肯定的是：查重對象是不包括參考文獻的。 而且，就算你沒有將參考文獻從論文中刪除，知網也是能正常識別出來參考文獻部分的，前提是你的論文結構是規范的，而且按照 規范格式 引用了參考文獻。 簡單來說，按照學校要求的大綱架構和參考文獻引用規范（GB/T-7714）去寫論文，知網都能識別出參考文獻部分，并在查重時自動剔除。 不僅是參考文獻部分，諸如論文封面、目錄、成果清單等內容也是不在查重范圍內的。 而且，在查重報告中， 不納入查重范圍的參考文獻、目錄等內容都會以灰色字體顯示，而正文則以黑色字體顯示。
封面、摘要、緒論、第一章、第二章、等等這樣一系列的都會各自分成一個片段來檢測，每一個片段都計算出一個相似度，再通過這樣每章的相似度來計算出整篇論文的總重復率。 當知網查重系統識別到你論文中有某句話涉嫌抄襲的時候，它就會對這句話的前面后面部分都重點進行模糊識別，這個時候判斷標準就變得更嚴格，僅僅加一些副詞或虛詞 (比如“的”、“然后”、“但是”、“所以”此類詞語）是能夠識別出來的。 在知網查重進行中，檢測系統只能識別文字部分，論文中的圖片、word域代碼、mathtype編輯的公式、是不檢測的，因為檢測系統尚無法識別這些復雜的內容格式。
但是像我所在的浙江大學，學校為學生購買了知網查重服務，并集成到研究生管理系統了，而且， 用于查重的論文版本也是最終送審的版本 。 這意味著，刪除參考文獻是不可取的，因為送審版本是需要包括參考文獻的。