應該是不會，論文的查重是根據知網等網站當中已發表的論文和百度上面的相關信息來進行查重的，除非你的論文有發表過不然不會影響第二次查重的。

mathtype編輯的公式不能避免被查重，標紅也是理所當然的，和是否編號沒有關系。mathtype最新版可到mathtype中文官網下載

學校一般都會規定，不允許使用特殊格式，你看看學校規定吧。我當年為了規避查重，把一部分弄成圖片了，都讓學校查出來了

知網檢測的時候會把參考文獻自動過濾掉，前提是你要標注正確，符合檢測系統的要求，就會被檢測系統自動過濾掉。